本局置局長、副局長、主任秘書、專門委員、簡任技正各1人，總預算員額數計86人。下設7科4室，各單位職掌及預算員額數如下： (一)農務科： 農業行政業務、生產輔導、農業經營與管理、有機農業等事項。 (二)森林及自然保育科： 保育自然林地、獎勵造林、綠美化、野生動物保育等事項。 (三)漁業科： 漁業行政業務、漁會輔導、漁業管理、漁業資源保育、 漁村建設及環境改善等事項。 (四)畜產科： 畜牧登記、飼料作物、獸醫師登記、家畜保險、畜牧污染防治、生產貸款、屠宰衛生、肉品市場等事項。 (五)農產行銷科： 農產品加工、行銷、包裝、推廣、促銷及國際行銷、農產品行情調查報導、果菜批發市場管理等事項。 (六)農會輔導及休閒農業科： 各級農會會務、業務及農業信用部輔導、地方產業文化、休閒農業、農民及全民健康保險等事項。 (七)農地管理工程科： 農業綜合規劃、農業建設工程、漁村建設工程、農地利用管理、集村興建農舍、農村再生條例、農地資源 空間規劃、農地管理综合業務、土地撥用業務、農地變更使用回饋金核算、養殖用地、農、林、漁、牧用地變更申請許可及違規使用管理、農路改善計畫等事項。 (八)秘書室： 文書、檔案、出納、庶務、財產管理、法制、採購、研考、車輛管理、技工友及臨時人員管理等業務。 (七)會計室：依法辦理歲計、會計及統計事項。 (八)人事室：依法辦理人事管理事項。 (九)政風室：依法辦理政風事項。