臺南市花卉批發市場由臺南市政府輔導、臺南市臺南地區農會經營，市場全名為「台南市綜合農產品批發市場」，佔地面積20公頃，經營業務有青果類、蔬菜類、花卉類、家禽類批發及零批交易等業務，屬消費地型態批發市場；其中花卉拍賣，104年度交易量約為1,235萬把，交易金額約為6億6千809萬元，交易量僅次於臺北及彰化花卉批發市場，列居全臺第三(全臺目前有五個花卉批發市場，分別為臺北、臺中、彰化、臺南及高雄)。
臺灣花卉主要產地為彰化、南投、臺中。花卉批發市場切花之來源由產地花農透過農會、產銷班、合作社(場)等單位，再經由整理、分級包裝、共同運銷送至花卉批發市場進行拍賣，由承銷人競價購得，零售商（或花店等）再向承銷人購買後予消費者選購。花卉批發市場成立之前，交易制度屬自產自銷及行口交易，由花商直接向產地尋貨、交易或由花農直接於市場販售，於價格形成機制上，因缺乏中間仲裁易發生糾紛，生產者較無保障；為解決此問題故成立花卉批發市場，以公開拍賣方式形成公平公正之競價，並透過市場代收代付制度，保障花農可順利取得貨款。
台南市綜合農產品批發市場於民國83年9月16日開始辦理花卉人工拍賣作業，以切花交易為主，在農委會及前農林廳補助經費下，民國84年設立花卉電腦拍賣業務及周邊設備，為全國首座低溫拍賣館，並採用仿荷蘭式電腦拍賣鐘，採取3線電腦作業，提升拍賣作業效率。目前已登記之供應人有3千餘人，已登記之承銷人有100餘人，經常交易人數約65-75人，其中來自臺南地區花卉批發業者占66%、高雄地區15%、屏東地區15%、雲嘉地區4%；拍賣之花卉貨源，64%來自農民團體共同運銷供應，36%來自個別花農及販運商，每日到貨量約3萬多把，平均交易量約2千多件，對於調節產銷、促進合理價格，有很大助益!
台南市綜合農產品批發市場花卉拍賣作業，於下午1點至3點半為進貨時間，產地花農採收花卉、整理及裝箱後，由各大農民團體統一集貨、委託農產品運輸專車配送或供應人自行運送至批發市場，由市場理貨員點件、簽收、查驗花卉品質並編排拍賣序號，再依花卉種類送至拍賣場固定位置，同時，承銷人必須先繳清欠款才能領取晶片卡、刷卡進場，準備參加下午3點半開始之電腦拍賣；拍賣結束，承銷人提領花卉後，可至分貨場批發販售，因花卉新鮮、價格合理，民眾消費意願高、需求量大增，原有分貨場不敷使用，經農委會及農糧署補助，新建8百多坪花卉分貨場已於民國94年正式啟用服務消費者。
臺南花卉批發市場販售之花卉種類齊全、花材新鮮、價格合理，其中臺南盛產之火鶴花、洋桔梗及蘭花等，更是品質優良，深受零售商、花店及消費者喜愛；每至過年、民俗節日或節慶等，購買人潮絡繹不絕，交易非常熱絡；為調節花卉供需、保障花農所得，臺南市政府將持續致力輔導該市場拍賣及批發業務，提升市場營運品質、促進業務發展，期能讓臺南花卉批發市場成為南部花卉物流中心。